Genetic variation and recurrent parasitaemia in Peruvian Plasmodium vivax populations

McCollum, Andrea M; Soberon, Valeria; Salas, Carola J; Santolalla, Meddly L; Udhayakumar, Venkatachalam; Escalante, Ananias A; Graf, Paul CF; Durand, Salomon; Cabezas, Cesar; Bacon, David J

doi:10.1186/1475-2875-13-67

Malaria Journal

Table 3 Microsatellite analysis of paired D-0 and D-R samples

From: Genetic variation and recurrent parasitaemia in Peruvian Plasmodium vivax populations

Population	Case	Treatment^a	Day^b	14.185^c	12.335	7.67	6.34	3.35	MS final^d	p(match)^e
Padrecocha	1	5	0	269	162	102	150	125	S	0.01
			70	269	162	102	150	125
	2	5	0	269	160	100	135	127	D
			183	269	166	100	160	127
	3	5	0				135		D
			141				160
	4	7	0	265	171	102	150		S
			84	265	171	102	150
	5	14	0	265	171		135		D
			83	265	166		135
	6	5	0	269	158	127	146	125	D
			154	269	158	127	150	151
	7	5	0	282	162	100	146		D
			105	265	171	102	150
	8	14	0	282	166	100	135	135	D
			81	265	171	102	150	151
	9	7	0	282	166		160		D
			28	282	166		135
	10	7	0	282	162	101	150	151	D
			43	282	166	101	135	133
	11	5	0	282	163	98	150	151	D
			120	282	163	98	150	153
	12	14	0	282	166		135	133	D
			55	282	166		160	127
	13	5	0	269	158	126	146	125	D
			154	269	158	126	135	127
	14	5	0	269	158	125	145	125	S	0.051
			210	269	158	125	145	125
	15	14	0	282	166		160	125	D
			43	282	166		135	133
	16	7	0	282	166	102	135	133	D
			105	269	162	102	160	125
	17	5	0	282	166	122	150	117	D
			53	282	166	101	135	125
	18	5	0	269	166	101	160	127	D
			63	282	162	101	146	125
	19	14	0	265	171	102	150	153	S	0.02
			91	265	171	102	150	153
	20	5	0	265	171	102	150	153	D
			84	265	171	102	146	125
	21	5	0	269	158	125	145	125	S	0.031
			111	269	158	125	145	125
	22	5	0	269	158	125	145	125	S	0.031
			126	269	158	125	145	125
	23	14	0	269	159	100	135	127	S	0.01
			73	269	159	100	135	127
	24	5	0	265	170	102	150	153	D
			70	265	170	102	150	125
	25	7	0	265	170	101	150	153	S	0.01
			53	265	170	101	150	153
	26	7	0	265	170	102	149	153	S	0.051
			76	265	170	102	149	153
	27	14	0	265			149	153	D
			52	265			134	131
	28	5	0	265	170	102	149	153	S	0.051
			112	265	170	102	149	153
	29	7	0	265	170	102	149	153	S	0.051
			80	265	170	102	149	153
	30	14	0	265	170	102	149	153	S	0.051
			67	265	170	102	149	153
	31	7	0	265	170	102	149	153	S	0.051
			120	265	170	102	149	153
	32	5	0	265			136	125	D
			63	265			134
	33	5	0	265	170	102	150	153	S	0.01
			202	265	170	102	150	153
	34	7	0	265			149		S
			121	265			149	153
Santa Clara	35	7	0	265	162	98	150	151	D
			52	265	164	102	135	127
	36	5	0	265	162	100	135	119	D
			126	265	162	100	135	127
	37	5	0	265	171	102	150	153	D
			87	265	171	102	150	151
	38	14	0	265	164	101	150	135	D
			134	265	164	101	150	125
	39	5	0	265	170	102	149	153	S	0.019
			30	265	170	102	149	153
	40	5	0	265			160	125	D
			38	265			160	153
	41	14	0	265	158	125	145	125	S	0.019
			178	265	158	125	145	125
	42	5	0	265	158	126	145	125	S	0.019
			117	265	158	126	145	125
	43	5	0	265	170	102	149	127	S	0.019
			110	265	170	102	149	127
	44	14	0	265	164	115	149	125	S	0.019
			32	265	164	115	149	125
San Juan	45	7	0	265			150		D
			28	265			135
	46	5	0	265	162	102	150	127	D
			43	265	171	102	150	151
	47	5	0	265	166	122	150	127	S	0.006
			71	265	166	122	150	127
	48	7	0	265	166	122	150	117	D
			40	265	164	104	135	125
	49	5	0	265	164	102	135		D
			62	265	164	102	135
	50	14	0	265	158	102	135	127	D
			84	265	171	102	150	127
	51	5	0	265	171	102	150	127	S	0.006
			70	265	171	102	150	127
	52	5	0	265	171	102	150	151	S	0.006
			80	265	171	102	150	151
	53	14	0	265	164	101	160	125	S	0.012
			99	265	164	101	160	125
	54	14	0	265	158	125	149	125	D
			144	265	158	125	145	125
	55	5	0	265	160	102	145	151	D
			86	265	160	102	145	151
	56	5	0	265	162	102	135	151	S	0.006
			51	265	162	102	135	151
	57	5	0	265	170	100	150	127	S	0.006
			53	265	170	100	150	127
	58	5	0	265	174	100	134	119	S	0.006
			53	265	174	100	134	119
	59	7	0	265	160		160	125	S
			120	265	160		160	125
	60	5	0	265	162	101	150	149	S	0.006
			72	265	162	101	150	149
	61	7	0	265			134		D
			99	265			134
	62	7	0	265	170	100	159	153	S	0.006
			129	265	170	100	159	153
	63	5	0	265	174	102	134	125	S	0.006
			42	265	174	102	134	125
	64	5	0	265			149	121	D
			122	265			159	121
	65	14	0	265	166	101	134	121	S	0.006
			98	265	166	101	134	121
	66	14	0	265	174	100	149	133	D
			56	265	170	102	149	133
	67	14	0	265	166	151	134	127	S	0.006
			100	265	166	151	134	127
	68	5	0	265	158	122	149	127	D
			113	265	158	122	149	127
	69	5	0	265			159	121	D
			85	265			149	121
	70	14	0	265	166	121	134	121	S	0.006
			76	265	166	121	134	121
	71	5	0	265		101	145		D
			210	265	164	105	150
	72	5	0	265	162	100	160	153	S	0.006
			162	265	162	100	160	153
	73	7	0	265	166	99	135		D
			71	265	162	121	149
	74	5	0	265	164	101	160	125	S	0.012
			103	265	164	101	160	125
	75	5	0	265	166	101	134		D
			197	265	162	101	134
	76	5	0	265	170	102	150	125	S	0.006
			72	265	170	102	150	125
	77	5	0	265	166	100	160	125	S	0.006
			56	265	166	100	160	125
	78	5	0	265			135	133	D
			168	265			135	148
	79	14	0	265	158	125	134	127	D
			80	265	154	125	134	151
	80	7	0	265	170	101	149	125	D
			51	265	166	121	149	125
	81	5	0	265			134		S
			136	265			134	121
	82	5	0	265			145		D
			59	265			135	151
	83	5	0	265	174	102	149	133	D
			163	265	170	102	149	148
	84	7	0	269	162	103	145	153	S	0.006
			168	269	162	103	145	153
	85	14	0	269	162	100	149	148	S	0.006
			71	269	162	100	149	148
	86	14	0	265	167	101	149	153	S	0.006
			98	265	167	101	149	153
	87	5	0	269	162	121	149	127	S	0.006
			136	269	162	121	149	127
	88	5	0	269	166	101	135	153	S	0.006
			79	269	166	101	135	153
	89	14	0	271	166	101	134	121	D
			183	276	162	100	140	148
	90	14	0	282	162	100	160	153	S	0.006
			73	282	162	100	160	153

^aTreatment given to the patient on D-0. ‘5’ represents 30 mg of primaquine for 5 days; ‘7’ represents 30 mg of primaquine for 7 days.
‘14’ represents 15 mg of primaquine for 14 days.
^bDay of sample collection, where ‘0’ is Day-0 (D-0) and the second day is the day of recurrence (D-R) respective to D-0.
^cAllele for each microsatellite loci are reported as PCR product size.
^dThe final determination of concordance (S = same) or disconcordance (D = different) between the two microsatellite haplotypes (D-0 and D-R). Different alleles between a pair of samples are highlighted in red.
^eP(match) values were calculated separately for each population and only for complete 5-locus haplotypes.

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ISSN: 1475-2875

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