Second-round PCR for pfdhfr region containing the polymorphism | Cycling temperature | Size (bp) | To detect mutatin at codon: | Restriction enzyme | Fragment length (bp) Wild Type | Fragment length (bp) Mutant |
---|---|---|---|---|---|---|
F: 5′-GAA- | 94°C for 2 min; | 326 | cys | XmnI | 189. 163 | 26, 137, |
ATG-TAA-TTC- | 94°C for 1 min, |  | 59 |  |  | 163, |
CCT-AGA-TAT- | 45°C for 1 min, |  | arg |  |  |  |
GGA-ATA-TT-3′ | 72°C for 1 min |  |  | BstNI | 326 | 145,181 |
 | (5 cycles) |  | ser |  |  |  |
M4: 5′-TTA- |  |  | 108 |  |  |  |
ATT-TCC-CAA- | continue with | Â | thr | AluI | 118, 180 | 299 |
GTA-AAA-CTA- | 40Â cycles, | Â | Â | Â | Â | Â |
TTA-GAG- | 94°C for 1 min, |  | ser |  |  |  |
CTTC-3′ | 45°C for 1 min, |  | 108 |  |  |  |
 | 72°C for 1 min Further extension 72°C for 10 min |  | asp |  |  |  |
M3: 5′-TTT- | Same cycle as | 522 | ala | NlaIII | 53, 93, 376 | 146, 245 |
ATG-ATG-GAA- | F-M4 PCR | Â | 16 | Â | Â | Â |
CAA-GTC-TGC-GAC-GTT- 3′ |  |  | val |  |  |  |
 |  |  | asn | Tsp5091 | 55, 65, 120, | 55, 65, 120, |
F/: 5′-AAA-TTC- |  |  | 51 |  | 153 | 218 |
TTG-ATA-AAC- | Â | Â | ile | Â | Â | Â |
AAC-GGA-ACC- | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
TTT-TA-3′ |  |  |  |  |  |  |
 |  |  | ser | BsrI | 522 | 190, 332 |
 |  |  | 108 |  |  |  |
 |  |  | asn |  |  |  |
 |  |  | ile | Dra I | 107, 171, | 107, 143, |
 |  |  | 164 |  | 245 | 245 |
 |  |  | leu |  |  |  |